天海（小栗旬）、常盤（松山ケンイチ）ら未来推進会議が中心となり、日本人移民の変異株感染による事態の打開に挑むが、状況は改善しない。そして、遂に全世界で日本人移民の受け入れ停止が発表される。そんな中、追いうちをかけるように田所博士（香川照之）から、「日本沈没までもう時間がない」と警告される。それでも最後の一人を救うまで、天海は関東に残って立ち向かう決意をする。そして、ついに恐れていた日本沈没がー。天海や常盤は、無事なのか…日本人にとって希望のひととなれたのか！？日本の未来は！？